強い磁場の中で、電磁場に励起された体内の水素原子が元の状態に戻る「緩和時間」を利用して撮像しますのでＸ線などの放射線被による被ばくはありません。
ただし、磁場を利用しますので、体内に磁性体（磁場に反応する物質、ペースメーカーなど）が入っている場合は検査が行えない場合があります。放射線被ばくがないため妊娠中の検査も可能ですが、妊娠早期の検査は特に必要な場合以外は行わないようにします。
骨や空気の影響を受けず組織の僅かな違いを表現でき、造影剤なしで血管を描出可能などCTとは違う長所があります。